Χωρίς προστασία παραμένουν οι τέσσερις λίμνες του οροπεδίου του Αμυνταίου, παρότι έχουν ενταχθεί στο δίκτυο NATURA 2000 ως Ζώνες Ειδικής Προστασίας και Τόποι Κοινοτικής Σημασίας. Συγκεκριμένα: Στη Βεγορίτιδα παρατηρείται δραματική πτώση της στάθμης κατά 30 μέτρα, η οποία οφείλεται σε προγενέστερες λαθεμένες διαχειριστικές πρακτικές και στις ανεξέλεγκτες αρδευτικές γεωτρήσεις. Οι